В системе академии 3 отделения и 13 научно-исследовательских институтов: отделение физико-технических и математических наук (научно-исследовательские институты: физики и математики; физики и механики горных пород; автоматики; геологии), отделение химико-технологических и биологических наук (научно-исследовательские институты: неорганической и физической химии; органической химии; биохимии и физиологии; биологии; физиологии и экспериментальной патологии высокогорья), отделение общественных наук (научно-исследовательские институты: истории; философии и права; языка и литературы; экономики), а также ряд других научно-исследовательских учреждений; отделы географии; общей тюркологии и дунгановедения; биологическая станция, ботанический сад. Центральная научная библиотека (568 тыс. единиц хранения, 1968).

Ведущие направления исследований: физика и механика горных пород; комплексная автоматизация и управление процессами производства ведущих отраслей промышленности республики; геология и разработка научных основ получения чистых редких элементов и малых металлов; биохимия и физиология животных и растений; экономика республики; история, язык и литература киргизского народа.

Академия издаёт "Известия" (с 1959) и научные труды по различным отраслям знаний, готовит к изданию Киргизскую советскую энциклопедию.

Президенты АН Киргизской ССР: 1954-1960 - Ахунбаев И. К. С 1960 - Каракеев К. К.

Лит.: Каракеев К., Развитие науки в Сов. Киргизии, Фрунзе, 1966.

К. К. Каракеев.